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賽默飛QuantStudio 5實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀的正確操作使用方法指南。它將分為實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備、上機(jī)操作、運(yùn)行監(jiān)控和后續(xù)處理幾個(gè)部分,并包含重要的注意事項(xiàng)。
一、賽默飛QuantStudio5實(shí)時(shí)熒光定量PCR重要部分:實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
1、儀器準(zhǔn)備:
(1)開啟電腦和QuantStudio 5儀器電源,等待系統(tǒng)啟動(dòng)完成。
(2)打開 QuantStudio Design and Analysis 軟件。
(3)檢查儀器狀態(tài),確保無錯(cuò)誤報(bào)警。
2、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì):
在軟件中或紙上規(guī)劃好實(shí)驗(yàn)布局,包括:
(1)實(shí)驗(yàn)類型: 標(biāo)準(zhǔn)曲線定量、相對(duì)定量(ΔΔCt)、基因分型等。
(2)樣品位置: 明確標(biāo)準(zhǔn)品、待測(cè)樣品、陰性對(duì)照(NTC)、陽性對(duì)照(PC)在板子上的位置。
(3)探針/染料設(shè)置: 確定每個(gè)孔使用的熒光染料通道(如FAM, VIC, ROX參比染料等)。
3、反應(yīng)體系配制(在試劑準(zhǔn)備區(qū)進(jìn)行):
(1)根據(jù)試劑盒說明書或優(yōu)化后的方案,計(jì)算并配制主混合液。
(2)通常包括:SYBR Green qPCR預(yù)混液(或TaqMan探針預(yù)混液)、正反向引物、探針(如果使用)、無酶水。
(3)將主混合液分裝到PCR板或八連管中。
注意: 整個(gè)過程在冰上操作,避免酶失活。
二、賽默飛QuantStudio5實(shí)時(shí)熒光定量PCR第二部分:上機(jī)運(yùn)行
1、放置樣品板:
(1)打開QuantStudio 5的樣品槽門。
(2)注意板子方向: 將板子帶有A1角標(biāo)(左上角)的一側(cè)對(duì)準(zhǔn)樣品槽的對(duì)應(yīng)角落,平穩(wěn)放入。
(3)輕輕關(guān)上樣品槽門。
2、創(chuàng)建并設(shè)置新實(shí)驗(yàn):
(1)在軟件主界面點(diǎn)擊 "New" 或 "創(chuàng)建新實(shí)驗(yàn)"。
(2)選擇實(shí)驗(yàn)類型: 如 Quantitation (定量) -> Standard Curve (標(biāo)準(zhǔn)曲線) 或 Quantitation - Comparative Ct (ΔΔCt)。
(3)選擇板子類型: 如96-well, 0.1 mL。
3、設(shè)置實(shí)驗(yàn)參數(shù):
(1)指定樣品: 在軟件界面的虛擬板圖上,用鼠標(biāo)選擇孔位,然后右鍵或從側(cè)邊欄設(shè)置其類型(Unknown, Standard, NTC等)和樣品名稱。
(2)指定探針/染料: 為每個(gè)孔分配檢測(cè)通道。例如,在 Detector 或 Assay 欄選擇或創(chuàng)建對(duì)應(yīng)的染料(如FAM-SYBR)。
(3)設(shè)置參比染料: 通常選擇ROX作為參比染料,用于校正孔間差異。
4、編輯反應(yīng)程序:
點(diǎn)擊 Protocol 選項(xiàng)卡,輸入以下典型的qPCR三步法程序:
(1)階段1:UNG酶消化(可選,防污染)
50°C,2分鐘
(2)階段2:熱啟動(dòng)/預(yù)變性
95°C,2-10分鐘(根據(jù)預(yù)混液說明書)
(3)階段3:PCR循環(huán)(40-45個(gè)循環(huán))
變性: 95°C,15秒
退火/延伸: 60°C,1分鐘 (在此步驟采集熒光信號(hào))
(4)對(duì)于SYBR Green法,通常在退火/延伸結(jié)束時(shí)采集信號(hào);對(duì)于TaqMan探針法,確保設(shè)置正確。
5、啟動(dòng)運(yùn)行:
(1)檢查所有參數(shù)設(shè)置無誤后,點(diǎn)擊 "Start Run"。
(2)軟件會(huì)提示你輸入實(shí)驗(yàn)名稱、保存路徑等信息。
(3)確認(rèn)后,儀器將開始運(yùn)行。你可以聽到風(fēng)扇啟動(dòng)和溫控模塊開始工作的聲音。
三、第三部分:運(yùn)行監(jiān)控與數(shù)據(jù)分析
1、實(shí)時(shí)監(jiān)控:
(1)在運(yùn)行過程中,軟件會(huì)實(shí)時(shí)顯示擴(kuò)增曲線、熒光信號(hào)圖等。
(2)檢查陰性對(duì)照(NTC)是否有擴(kuò)增,陽性對(duì)照和標(biāo)準(zhǔn)品曲線是否正常。
2、運(yùn)行結(jié)束:
(1)程序運(yùn)行完畢后,儀器會(huì)發(fā)出提示音。
(2)軟件會(huì)自動(dòng)保存數(shù)據(jù)。
3、數(shù)據(jù)分析:
(1)在Analysis界面,軟件會(huì)根據(jù)你選擇的實(shí)驗(yàn)類型自動(dòng)計(jì)算Ct值。
(2)對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)曲線: 檢查標(biāo)準(zhǔn)曲線的斜率和R2值(理想斜率:-3.3, R2 > 0.99)。
(3)對(duì)于熔解曲線(SYBR Green): 檢查產(chǎn)物特異性,單一峰表明擴(kuò)增特異。
(4)設(shè)置基線(Baseline)和閾值(Threshold),確保它們?cè)O(shè)置在擴(kuò)增曲線的指數(shù)增長(zhǎng)期。
(5)導(dǎo)出數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步分析。
四、第四部分:運(yùn)行后處理
1、取出樣品板:
(1)待儀器溫度降至安全范圍后(通常為4°C或室溫),打開樣品槽門,取出樣品板。
(2)注意: 板子和樣品可能含有擴(kuò)增產(chǎn)物,是潛在的污染源。請(qǐng)按照生物危害廢棄物處理規(guī)定進(jìn)行處理。
2、關(guān)機(jī):
(1)通常情況下,儀器無需關(guān)閉電源,保持待機(jī)狀態(tài)即可。如果長(zhǎng)期不用,可關(guān)閉儀器和電腦電源。
(2)填寫儀器使用記錄。
五、常見問題排查
1、信號(hào)弱或無信號(hào): 檢查試劑是否失效、探針/引物設(shè)計(jì)是否合理、模板濃度是否過低、程序設(shè)置是否正確(特別是信號(hào)采集步驟)。
2、擴(kuò)增曲線異常: 檢查是否存在抑制劑、模板降解或加樣錯(cuò)誤。
3、NTC出現(xiàn)擴(kuò)增: 表明存在污染,需檢查試劑、水、耗材或操作環(huán)境。
4、ROX信號(hào)報(bào)警: 檢查是否在實(shí)驗(yàn)中設(shè)置了ROX參比染料,但使用的預(yù)混液不含ROX,或反之。